Lyon dispone de una red pública de transportes, TCL (Transports en Commun Lyonnais), muy desarrollada. De hecho es la segunda más utilizada y concurrida de Francia después de la de Île-de-France, con 1,4 millones de viajeros por día y 195 millones de desplazamientos por año.
El metro es uno de los medios de transporte más utilizados dentro de la ciudad (posee cuatro líneas). También hay trolebuses (siete líneas), tranvías (cuatro líneas) y autobuses (más de cien líneas).
Desde 2008 hay una línea de tranvía Express que se llama Rhônexpress que tiene un trayecto que va de estación de tren que está en pleno centro de la ciudad, la de Lyon-Part-Dieu, al aeropuerto Lyon-Saint-Exupery, que está a 23 kilómetros, y al cual se llega en 25 minutos (en hora punta hay tranvías cada 15 minutos). Dicho trayecto tiene muy pocas paradas.
Se está desarrollando también un proyecto de trenes de cercanías tipo RER de París (que se terminará en 2010), aquí llamado REAL (Red Express del área urbana lionesa) que consiste en la creación de la Estación Lyon-Jean Macé, la reorganización de las estaciones y conseguir una cadencia mayor de los trenes de cercanías.
Desde mayo de 2005, al igual que en muchas ciudades europeas como París o Barcelona, existe un sistema de alquiler de bicicletas públicas, denominado Vélo’v. Gracias al cual más de 4000 bicicletas están disponibles al público de forma permanente por toda la ciudad; en total hay 343 estaciones.
Por otra parte, Lyon dispone de unas 50 estaciones de taxi.
